Gösta Werner var en svensk målare, tecknare, grafiker och skulptör.
Han började sin yrkesbana som sjöman, men började studera konst vid Isaac Grünewalds målarskola 1944, där han var i tre år innan han 1947 blev elev vid Academie Libre. Två år senare reste han till Paris för att hos André Lhote närmare studera den analytiska kubismen. Senare gjorde han också studieresor till bland annat USA, Italien, Turkiet och Indien.
Efter att till en början ha målat mest realistiska landskap, stilleben och aktstudier i en ren färgskala, men rörde sig under 1950-talet allt mer mot ett nonfigurativt måleri. Detta övergick på 1960-talet till ett figurativt och modernistiskt marinmåleri. Ett vanligt inslag i Gösta Werners verk är integrerad text, såsom namn på fartyg och hamnar. Han arbetade också som grafiker med linoleumsnitt och litografier.
I Simrishamn finns Museum Gösta Werner och Havet, och han är också representerad vid bland annat Nationalmuseum och Moderna museet i Stockholm, Kalmar konstmuseum och Norrköpings Konstmuseum.